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다주택자는 일시적 2주택 적용이 불가능한가 ? (대법원 2024두55426 판례평석)

김성일 공인회계사 · 리겔 부동산 세법 연구소

안녕하세요 리겔입니다. 오랜만에 글을 적습니다. 내용은 지금은 없어진 보유기간 리셋 규정 + 다주택자의 일시적 2주택 관련입니다.

2025년 2월 경 대법원 판례가 하나 나옵니다. 2025.2.13 대법원 선고, 2024두55426 내용은 다음과 같습니다.

판결 요지 - 구 소득세법 시행령 제155조1항의 규정에 따라 다주택자가 최종적으로 일시적 2주택이 된 상황에서 종전 주택 매도 시 비과세를 위한 보유기간의 계산은 1주택이 된 날로부터 계산한다. 그러나 쟁점주택의 경우 최종 1주택이 된 날로부터 보유기간 2년의 조건을 충족하지 못하였기에 비과세 적용을 배제한 처분청의 처분을 그대로 인용한다.

다만, 이 위 판결문을 살펴보면 세무대리인들이 놀랄 수 밖에 없는 문장이 포함되어 있는데, 다음과 같습니다.

국내에 2주택을 소유한 1세대가 신규 주택을 취득함으로써 3주택이 되었다가 종전의 주택 중 1주택을 처분하여 2주택이 된 경우는 소득세법 제155조 제1항 제1호에 따른 양도소득세 비과세 대상에 해당하지 않는다.

라고 되어 있습니다.

이를 현재 소득세법 시행령 제155조 제1항에도 그대로 적용하여 2주택자가 3주택자가 된 다음 두 번째 주택을 매도한 경우, 첫번째 주택과 세번째 주택에서 일시적 2주택을 적용할 수 없는 것으로 우려하는 분들이 계신 것 같습니다. 이에 대하여 살펴 보겠습니다.

먼저 사실 관계를 살펴보면 다음과 같습니다.

1) 청구인들은 2025년 12월 7일 취득한 쟁점 직전 주택 - A 주택을 보유하던 중 , 2017년 4월 20일 쟁점주택 B 주택을 취득하였으며, 2019년 4월 19일 거주주택 - C 주택을 취득하였습니다. 이후 A 주택을 2021년 1월 13일 양도하였으며, 2021년 11월 26일 B 주택을 양도하고 일시적 2주택 등을 적용하여 1세대 1주택 양도소득세 비과세 신고 하였습니다.

1-1 ) 2021년 11월 2일 기획재정부 예규에서는 21년 1월 1일이후 3주택자가 기존 소유 주택 처분 후 남은 2개의 주택이 일시적 2주택인 경우에는 쟁점 시행령을 적용하여 최종 일시적 2주택이 된 날로부터 보유기간을 계산하는 것으로 변경하였습니다.

2) 이에 처분청은 B 주택의 경우 구 소득세법 시행령(대통령령 제29523호, 2019.2.12개정, 2021.1.1 시행) 제 154조 제1항 및 제5항에 따라 B 주택의 비과세를 보유2년의 기간은 쟁점 시행령 제154조 제5항에 따라 2021년 1월 13일부터 새롭게 계산하여야 하고, 2021년 11월 26일은 2년이 되지 않았으므로 시행령 제154조 제1항의 보유기간의 2년의 조건을 만족하지 못한다고 판단하여 기존 비과세 신고를 부인하였습니다.

3) 이에 청구인들은 불복하여 심판청구를 제기하였으나, 2023년 6월 12일 심판청구는 기각되었습니다.

4) 청구인들은 불복하여 행정소송을 진행하였으나, 1심 2024.01.18 기각 되었으며, 2심 역시 24.08.30 기각되었고, 대법원에서도 2025.2.13 최종 기각되기에 이르렀습니다.

쟁점규정은 아래와 같습니다.

⑤ 제1항에 따른 보유기간의 계산은 법 제95조제4항에 따른다. 다만, 2주택 이상(제155조, 제155조의2 및 제156조의2에 따라 일시적으로 2주택에 해당하는 경우 해당 2주택은 제외하되, 2주택 이상을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 후 신규주택을 취득하여 일시적 2주택이 된 경우는 제외하지 않는다)을 보유한 1세대가 1주택 외의 주택을 모두 양도한 경우에는 양도 후 1주택을 보유하게 된 날부터 보유기간을 기산한다.

국세법령정보시스템

2주택 이상의 다주택자의 경우에는 비과세를 받기 위하여는 최종 1주택이 된 날부터 보유기간 2년을 새로 계산하도록 되어 있습니다. 다만, 2주택이 시행령 제155조, 제155조의2, 제156조의 2에 따라 일시적 2주택인 상황이면, 해당 2주택에 제외한다고 되어 있습니다.

그리고 2주택 이상을 보유한 1세대가 최종 1주택외에 다른 주택을 처분하고 새로 취득하여 일시적 2주택인 경우는 제외하지 않는다라고 되어 있습니다. 즉, 종전주택과 신규주택에서 종전주택을 먼저 매도하면 일시적 2주택 조건을 적용하므로, 기존 시행령 제155조 제1항의 조건을 검토하면 되지만, 종전주택(A)과 신규주택(B) 보유 중 신규주택(B)을 먼저 처분하고, 새로운 신규주택(C)을 취득하여 A 와 C 에서 일시적 2주택이 되는 조건이라면, 제외하지 않고, 개정 규정의 대상이 된다는 내용입니다.

그렇다면 2주택 이상을 보유한 1세대가 처분하고 새로 취득하는 경우가 제외된다면, 새로 취득하고 처분하면 어떻게 되는지에 대한 고민을 하기 시작하였고, 실제로 21년 10월말 경 까지는 이러한 방법(세번째 주택을 먼저 취득하고, 양도차익이 적은 첫번째 또는 두번째 주택을 매도)이 보유기간 재계산 규정을 피해갈 수 있는 방법론으로 투자자들 사이에서 알음알음 알려지게 되었습니다. 하여 기획재정부에서는 유권해석으로 추가로 취득하여 양도차익이 적은 기존 주택을 매도하여 의도적으로 일시적 2주택을 만든 경우에는 보유기간 재계산의 대상이 된다는 취지의 해석을 내기에 이르렀습니다.

위 쟁점규정은 실제로 2019년 2월 12일 개정되었으나, 유예기간을 거쳐 21년 1월 1일부터 시행되기에 이르렀습니다. 2019년부터 2021년을 돌이켜 보면 전국적으로 부동산의 가격이 상승이 발생하였고, 매년 세법 개정으로 혼란스러운 시기였습니다. 그래서 특정항목에 대한 핀셋 규정식의 세법 개정이 수시로 발생하였습니다. 쟁점 규정인 보유기간 재계산 규정도 개정취지 등을 생각해보면 매도하여 1주택이 되는 경우, 매도차익을 본 투자자들이 다시 주택을 매수하려고 할터니, 그 기간을 늦추어 보자는 의도, 그리하여 성급히 움직여서는 일시적 2주택의 조건을 만족하지 못하니, 종전주택에 대한 비과세를 지키기 위해서라면 신규 매수세를 늦추어 보자는 정책적인 의도가 개입된 개정이었습니다. 그러나 전국적으로 불붙은 매수세를 잡기에는 부족하였고, 공포된 시행령 자체에서 1주택과 일시적2주택, 2주택의 구분을 엄격히 규정하지 못하였기에 여러가지 방법론들에 대하여 예규로 규정하기에 이른 것입니다.

1심과 2심의 판결문을 살펴본다면 쟁점 시행령 규정에 대하여 2019년 개정 취지 등을 고려한다면 보유기간 2년의 요건을 충족하지 못하였으므로 비과세 적용을 하지 않는 것이 정당하는 결론으로 이어지고 있습니다. 이부분은 최종 대법원 판단에서도 그대로 인용되어 청구인들의 주장은 반영되지 않았습니다.

다만, 대법원 판결문에 있어 아쉬운 점은 청구인들의 주장을 인용하지 못하는 근거로 쟁점 시행령 규정이 2주택을 소유한 자가 신규로 3주택이 된 경우에는 비과세 대상이 되지 않는다 라고 언급하고 있습니다. 그러나 본 사건에서 쟁점은 2주택자가 신규로 3주택이 된 경우가 문제가 된 사건이 아니라, 2주택 이상의 다주택자가 최종 1주택(이 최종 1주택이 일시적 2주택을 포함한다면 좋았을 것이나, 법문은 그 자체로 엄격해석해야 하므로 사건에 적용할 수 없음) 이 된 경우에 보유기간의 재계산을 규정의 적용에 관한 문제 입니다.

대법원의 기존 판례대로 법문을 엄격하게 해석해야 한다면, 현재에도 소득세법 시행령 제155조는 1주택을 소유한 1세대가 종전주택을 매도하기 전에 신규주택을 취득하여 정해진 기간 내에 매도하는 경우에는 이를 일시적 2주택으로 보아 시행령 제154조의 1세대 1주택 비과세를 적용한다고 하고 있습니다. 또한 1심 , 2심에서 인용된 판례대로 양도소득세의 판단 기준일은 양도일입니다.

최종 1주택 규정이 없어진 현재 기존 거래를 반영하여 소득세법 시행령 제155조를 적용하는 것은 그 자체로 확대해석입니다. 여러분들이 걱정하는 대로 A, B, C 에서 B C를 매도하고 D 를 매수하여 A D 에서 일시적 2주택이 적용되지 않으려면, 시행령 제 155조 제 1항에서 A를 매도하기 전에 1채 이상의 B 나 소득세법 제 88조 제9호 조합원 입주권이나 제10호 분양권을 취득하였다가 처분한 적이 있는 경우에는 적용하지 않는다라는 단서 조항이 있어야 할 것이고, 이는 개정되어 삭제된 쟁점 규정 구 소득세법 시행령 제154조 제5항을 계속하여 적용하는 것에 불과할 것입니다.

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